Soubory PDF generované automaticky exportační službou mohou být nově podepsány elektronickým podpisem, resp. certifikátem. O tom, zda se PDF soubory budou generovat podepsané, rozhoduje factoringová společnost, tj. nelze tuto skutečnost ovlivnit uživatelským nastavením.

Podepsání PDF souboru zajišťuje jeho důvěryhodnost a autentizaci autora. Elektronický podpis se stává součástí PDF souboru. Změna dokumentu po jeho podepsání má za následek neplatnost podpisu. PDF soubor je tak chráněn před neautorizovanými změnami. Z hlediska české legislativy je elektronický podpis postaven na roveň fyzickému podpisu provedenému rukou na papír. Z tohoto důvodu může vygenerovaný PDF soubor sloužit jako důkazový materiál v případných sporech.